Morsy había sido condenado a muerte el mes pasado por su papel en una fuga masiva de prisiones en 2011.
La sentencia puede ser apelada.
Morsy fue acusado de colaborar con el grupo islamista palestino Hamas y el grupo chiita libanés Hezbolá para escapar de una cárcel en enero de 2011 y facilitar la huida de otros 20.000 detenidos de varias prisiones en todo Egipto
Su huida ocurrió en medio de la primavera árabe que derrocó al expresidente Hosni Mubarak.
Previamente, en otro caso el tribunal lo condenó este martes, junto con otros 16 líderes de la Hermandad Musulmana, a cadena perpetua por cargos de espionaje.
En Egipto, la cadena perpetua equivale a 25 años de prisión.
Otros tres altos dirigentes de los Hermanos Musulmanes -Khairat Al Shater, Mohamed Beltagy y Ahmed Abdel Alaty- fueron condenados a muerte en la horca.
Morsy, quien se convirtió en el primer presidente democráticamente electo de Egipto en junio de 2012, fue depuesto por un golpe militar respaldado popularmente en julio de 2013. El gobierno militar instalado después prohibió la Hermandad Musulmana, calificándola de grupo terrorista.
