Otros miembros de su familia han sido detenidos y unos más han sido señalados por las autoridades mexicanas y estadounidenses.
«El Chapo», arrestado por marinos mexicanos en la ciudad turística de Mazatlán, Sinaloa en 2014, y quien se fugó este sábado por segunda vez, tuvo tres mujeres y seis hombres.
De su primer matrimonio, con Alejandrina María Salazar Hernández en 1977, nacieron César, Iván Archivaldo y Jesús Alfredo.
Con su segunda esposa, Griselda López Pérez (conocida también como Karla Pérez Rojo) tuvo a Joaquín, Édgar, Ovidio y Griselda Guadalupe.
En 2007, Guzmán Loera se casó con Emma Coronel Aispuro, originaria de La Angostura, Durango, y sobrina de su antiguo socio Ignacio «Nacho» Coronel, quien falleció en 2010 año en un operativo militar en Zapopan, Jalisco.
Con Emma Coronel, una exreina de belleza en Durango, tuvo dos hijas gemelas: María Joaquina y Emali Guadalupe, nacidas en agosto de 2011 en Los Ángeles, California.